Новый этап в истории оркестра Московской филармонии начался в 1998 году, когда его возглавил народный артист СССР Юрий Симонов. Коллектив больше двух десятилетий остается активным участником российской филармонической жизни, часто выступает в городах России, успешно гастролирует в Великобритании, Германии, Испании, Японии, Гонконге, Китае, Корее.
Один из приоритетов оркестра — работа с новым поколением музыкантов: в рамках цикла «Звезды XXI века» коллектив сотрудничает с одаренными солистами, начинающими путь на большую сцену, приглашает в свои филармонические абонементы молодых артистов. Оркестр — неизменный участник международных и Всероссийских мастер-курсов для молодых дирижеров Юрия Симонова, организованных Московской филармонией.
Деятельность маэстро Симонова и оркестра в значительной степени направлена на воспитание юных слушателей. Огромную популярность завоевал абонементный цикл «Сказки с оркестром», проходящий в Москве и во многих городах России с участием звезд театра и кино, среди которых Марина Александрова, Валерий Баринов, Сергей Безруков, Анна Большова, Ольга Будина, Валерий Гаркалин, Сергей Гармаш, Нонна Гришаева, Екатерина Гусева, Михаил Ефремов, Евгений Князев, Авангард Леонтьев, Дмитрий Назаров, Александр Олешко, Ирина Пегова, Юлия Пересильд, Михаил Пореченков, Евгения Симонова, Григорий Сиятвинда, Даниил Спиваковский, Юрий Стоянов, Евгений Стычкин, Геннадий Хазанов, Чулпан Хаматова и другие.
В последние годы коллектив представил ряд московских, российских и мировых премьер. Прозвучали сочинения Андрея Эшпая, Бориса Тищенко, Кшиштофа Пендерецкого, Филипа Гласса, Александра Чайковского, Сергея Слонимского, Валентина Сильвестрова, Эдуарда Артемьева, Геннадия Гладкова, Софии Губайдулиной, Алексея Рыбникова, Ефрема Подгайца, Кузьмы Бодрова и других композиторов.